江南砥定，北方却仍在“剿捻”的战争中。1865年5月18日，曾英勇抵抗并重创英法联军的僧格林沁，轻敌冒进，被捻军杀死，震惊中外。7天后，朝廷下令两江总督曾国藩改任剿捻钦差大臣，节制直隶、山东、河南三省，遗缺则由李鸿章代任。

此时，湘军几乎裁撤殆尽，只剩数千人，剿捻的主力只能依靠李鸿章创建的淮军及各地的守备部队。率军前敌的曾国藩却并非淮军统帅，而缔造淮军的李鸿章却不能领兵。这种“将”与“军”分离的古老制衡游戏，令军事指挥的成本和难度大大增加。

曾国藩总结了僧格林沁的教训，提出重点设防于四省(安徽、河南、江苏、山东)十三府，改变“尾追之局”，以“有定之兵，制无定之贼”(曾国藩奏折)，并在战区实行坚壁清野，分别良莠(设立了“良民册”与“莠民册”)，“从逆者杀无赦”、“戮其身、屠其家，并及坟墓”的严酷政策。

山东、河南官绅看惯了僧格林沁那种“爆炒式”的快速突击，对曾氏的“文火炖砂锅”实在看不上眼，于是“皆怪国藩以督师大臣安居徐州，谤议盈路”，甚至“劾其骄妄”(《清史稿》)。而曾国藩的重点布防策略，在捻军的优势骑兵下似乎并无作用。于是，曾国藩又在运河、沙河与贾鲁河上推行“河防”，不顾当地士绅的反对，强行在土质松软的河岸上建立堤墙工事，指望这道新的长城能将捻军困死。